У нас имеется две фирмы. Одна - основная, является всегда активной. При выписывании счета-фактуры с неактивной фирмы (у нас для наглядности стоит галочка "Показывать только выбранную фирму") если через кнопку "Добавить", то номер счета присваивается как для активной фирмы - следующий порядковый. Хотя для каждой фирмы установлена своя нумерация. Если же выписывать при помощи кнопки "Как шаблон", то все нормально - нумерация прописывается корректно. Просьба разработчикам обратить на это внимание.
Не много не понял, что у Вас не получается.
У нас тоже несколько фирм. Думаю, что правильно прежде, чем выписывать счет, нужно сделать активной ту фирму с которой Вы его выписываете через Справочники => Выбор активной фирмы => Активизировать; или как вариант - когда открыли с другой фирмы, то сменить активную фирму можна через кнопку "Смена фирмы" до того как сохранять документ.
У нас нумерация работает в таких случаях корректно - у каждой фирмы своя.